美丽的数学岛上，有一个神奇的愿望之码。只要将“咔布”生产出的数字和“加减乘除”身上的符号正确填入其中，就可以实现任何愿望。博士为了实现统治世界的野心，一心想要得到五只咔布。在数学天才罗克和伙伴们的努力下，博士的阴谋最终破灭。博士跌入了愿望之门，竟然回到了过去。重回数学岛后，博士假扮成数学王子，更加疯狂地继续自己的阴谋。罗克和伙伴们齐心协力，一次次地挫败了“数学王子”的阴谋，恢复了数学岛的安宁。

　　数学荒岛历险记3是《荒岛历险记》数学系列的第三部作品，是一部凝合了数学科普教育与少年励志为创作主题的动画连续剧。故事承接了第一部和第二部的剧情。讲述了博士只做了3分钟“世界之王”，就立马被打回原形了。原来愿望之码一旦被激活，便可掌控自己的意愿，它告诉大家，要想获得真正的愿望，必须要比赛答题。答对1道数学题，可以实现1个3分钟的愿望，答对8道数学题，可以实现1个永久愿望。　　由此，博士和罗克双方才开始真正的较量。国王、花花、依依、小强等荒岛伙伴能适应地球的新生活吗？罗克和UBIQ又会如何迎接新挑战，解除荒岛危机呢？而博士也拉拢了一个新帮手，博士经典的愚蠢阴谋功力会不会大增呢？摆脱各方控制的愿望之码，又将会有怎样令人称奇的表现？新危机，新挑战，新故事，一场全新的数学较量马上就要展开了。

　　在星星球20903年，嚯哈哈回来协助大大怪和小小怪侵略星星球，嚯哈哈学到一个强大的魔法，这个魔法能让星星球日常生活物件的重要部件消失，从而让这个物品不能使用，由此星星球很多东西的重要部件消失，给人们的生活造成了诸多不便，甚至引发了大混乱，为了让人们的生活恢置正常，宅博士带领以开心超人为首的超人们找到了失踪的重要部件，并重新期作出来。在此过程中，超人们知道了生活中一些日常东西运作背后蕴藏的科学道理，再次挫败了大大怪和小小怪的阴谋

奇猫国遭到妙狗国的占领，小羊们变成猫出发营救，却被敌人出招击落。喜羊羊在妙狗国醒来，发现与同伴分散在了妙狗国的五层区域，历经千辛万苦，喜羊羊找齐伙伴并意外解开封印获得新奇力，谁料这一切都是狗国王的阴谋……

传说森林住着邪恶的大魔王，为了帮助小精灵脱险，羊村守护者们再度出击勇闯四季城。不料，途中喜羊羊竟意外变成无法自控的“破影大王”，时而清醒，时而捣乱，让整个旅途笑料百出。羊狼们一路闯关进阶“勇者”能力，同时寻找“净化”喜羊羊的方法。而另一面，大魔王对这群“不速之客”自然不会束手就擒。谁又将会成为下一个战胜魔王的勇者传奇呢？