2018年から2020年に放送されていたアニメ「ゲゲゲの鬼太郎」第6期の映画化作品にあたる。「鬼太郎誕生 ゲゲゲの謎」のタイトルで、鬼太郎の誕生に隠された謎が描かれる。

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　　妮娜在魔法考试时不小心吞下了“水晶珠子”，从那天起，和同样会使用魔法的超级帅气的konbi组成　　了魔法组合，开始他们的奇妙之旅……　　爱的魔幻通俗小说！！！

　　故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。　　在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。