本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。

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在秩序井然的艾嘉王国，人类谨遵祖先的教训，绝不抬头仰望苍穹，放纵思绪流淌狂奔。传说在很久以前，地上的人们挑战造物，结果致令重力反转，难以数计的人类和建筑“坠入”蓝天，销声匿迹。但森严的秩序和自由思想势必发生冲突，少年艾吉（冈本信彦 配音）夜晚偷偷溜到野外，躺在草地上仰望繁星点点的夜空，而就在此时，身后的洞口出现了一个神色慌张的女孩。她叫帕特玛（藤井雪代 配音），拥有和艾吉全然相反的重力场。为了防止帕特玛跌落到空中，艾吉小心翼翼将其带到小屋保护起来。可是政府很快发现了帕特玛的踪迹，最高领导人动员全部力量展开围捕。　　在你来我往的追逐过程中，艾嘉王国和反转人的秘密也悄然揭开……

　　美美等人消灭恶梦军团后，回归往日和平日子。某日，于美美面前出现一位少年，他交给美美一封神秘的信。“我们于玫瑰疗园恭候光临……”写信者“芙罗拉”留下这段不可思议的讯息后消失，然后信件就变成了玫瑰契约（Rosepad）。突然间新敌人出现！送信少年此时变成了巨大燕子，带美美脱离险境。可可及果果了解到新危机的降临，于是前往美美的世界，给她们新的变身工具光之手机，变身成新的光之美少女。为解开玫瑰疗园之谜而努力。

　　数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。　　两国之间的抗争持续了150年，　　以无边无际的广袤银河为舞台，　　重复着无止境的战斗。　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治　　侵蚀着两个国家。　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。　　“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，　　以及人称“不败的魔术师”的杨威利。　　两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。