本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪墨横行、民不聊生。奸臣严嵩（倪大红 饰）党羽密布、权倾朝野，清官海瑞（黄志忠 饰）不惧强权，敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜（陈宝国 饰）练道修玄二十载，始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达，市井文化也算繁荣，但社会各阶层矛盾突出，国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满，“倒严”之声甚嚣尘上，从上至下、从里到外，从朝廷到地方官府，到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台......

上世纪九十年代，少年陈挺（吴宇恒饰）自小无母，由父亲陈发威抚养长大。他叛逆难驯并终日幻想一蹴而就的“成功”向父亲证明自己，因为成绩不佳在父亲旧友帮助下，陈挺进入职业中学学习汽修，在此与宿敌西城“校霸”黎浩（周彦辰饰）、机车少女佘珍珍（杨肸子饰）等结为好友，随着时代发展的浪潮，他们 共同成长各自到了自己的人生目标。

　　北京的布鞋品牌“内联升”的创始人赵廷在八国联军进犯中国的背景下，历经磨难，几起几落，开拓了中国“履中备载”的数据库营销先河，打造了“内联升”这一民族企业品牌，也表达了对小翠的恋情，赢得了小云的芳心。

一朵琼花带血复生，引出前朝复仇之谋；十二铜人蚀骨熔金，原是天枢杀机之谜；大案弥天，对手诡谲；狄公重临，匡扶正义；武朝迷案未了，狄仁杰重出江湖；神探经典，精彩再现。 　　《琼花案》：唐武周年间，扬州琼花观独一无二的一株琼花本已枯死，竟意外复生，且花中似有血色，一时间谣诼纷纭。武则天派太子李旦前往扬州，明为敕封琼花实则驱谣辟邪。太子到达扬州后竟意外失踪，狄仁杰、李元芳受命前往扬州调查。扬州城里却是芳龄少女接连被杀、西汉古墓疑似闹鬼、风流巨贾之妻突然失踪，案情诡谲，迷离百变。狄公认为，这些事件都不是孤立的，而是惊天阴谋的一部分…… 　　《金人案》：京畿震后，武皇花园内一棵青铜树因震出土，人心惶惶，武皇急召狄仁杰进京议事。青铜树上密文显示武皇阴柔气重，需铸天枢辅以金人十二围绕，并于顶部建造太阳神鸟方可解此大难。武皇孤意制造天枢，命狄仁杰解开太阳神鸟之谜。然则，建造天...

　　乾隆年间，方世玉随其父方德押送丝绸前往杭州参加集会，杭州当地恶霸雷老虎横行乡里，在集会上相中自崖城一路卖艺来到杭州的秋氏父女，为强抢秋氏之女秋茗，雷老虎打死秋父，路见不平的方世玉出手阻挠并反致其于死地。雷老虎之妻李小环闻讯带人寻仇，方世玉寡不敌众坠入悬崖。为不拖累方家，他和秋茗改名换姓暂留崖城制衣店，但在崖城的日子过的并不太平，以段五为首的崖城保安队掌控着崖城人的生死，不仅到处欺行霸市，还与常年盘踞崖城以张锦洪为首的悍匪互相勾结，崖城百姓深受其害。方世玉与秋茗互生情愫，并与秋茗联手将段五保安队一行人打的满地找牙，同时被百姓推举为新任保安队长打算和张锦洪做抗争…